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Mit diktatorischer Kontrolle über die Bevölkerung ("er regierte wie es wenige Alleinherrscher taten"), hat Calvin seine Art des Christentum den Einwohnern aufgedrückt und zwar mit Auspeitschen, Inhaftierungen, Verbannungen und dem Scheiterhaufen. Calvin wurde als "protestantischer Papst" bezeichnet und "der Diktator Genfs", der "in Genf nur eine Meinung gelten ließt, nämlich seine eigene". In Bezug auf die Einführung eines Glaubensbekenntnisses, das für alle Einwohner verbindlich war, schreibt der Historiker Philip Schaff: "Es war völlig inkonsequent, dass diejenigen die gerade das Joch des Papsttums als unerträgliche Last abgestreift hatten, ihr Gewissen und ihren Verstand einer menschlichen Satzung unterwerfen sollten; in anderen Worten, das alte römische Papsttum durch ein modernes protestantischen Papsttum zu ersetzen"

Das Glaubensbekenntnis wurde für jeden Bürger verpflichtend. Es war für jeden ein Verbrechen, dem protestantischen Papst zu widersprechen. Durant kommentiert: "Alle Ansprüche der Päpste auf die Herrschaft der Kirche über den Staat wurden von Calvin für seine Kirche erneut verwirklicht..[Calvin] war genauso gründlich wie jeder Papst, wenn es darum ging, persönliche Glaubensüberzeugungen zu unterbinden. [...] In Genf musste man sich eine andere Bleibe suchen, wenn man das nicht akzeptieren wollte. Dauerndes Fehlen bei protestantisch [calvinistischen] Gottesdiensten oder die Weigerung die Eucharistie zu nehmen wurden als Vergehen bestraft. Ketzerei wurde zum Hochverrat und mit dem Tode bestraft..In einem Jahr wurden auf Geheiß des Konsistoriums 14 angebliche Hexen verbrannt mit der Anklage, dass sie den Teufel überredet hätten, Genf mit der Pest heimzusuchen"

Calvin folgte den Spuren Augustinus, der "Einheit ...durch gemeinsame Teilnahme an den Sakramenten" durchsetzen wollte. Ein Doktor der Medizin namens Jerome Bolsec wagte es Calvins Prädestinationslehre zu widersprechen. Er wurde dafür eingekerkert, da er sagte "die, die Gott mit einem ewigen Ratschluss belegen, durch den er einige zum Leben und den Rest zum Tode vorherbestimmt machen einen Tyrannen aus ihm". Bolsec wurde festgenommen und aus Genf vertrieben und davor gewarnt, er werde ausgepeitscht, wenn er jemals wieder nach Genf zurückkehren würde. John Trolliet, ein Notar, kritisierte Calvins Ansichten über die Prädestination, da "Gott zum Urheber der Sünde gemacht wird". Dieser Vorwurf war tatsächlich richtig [...]. Das Gericht hat beschlossen "von jetzt an darf niemand es wagen, gegen dieses Buch [die Institutio] und seiner Lehren etwas zu sagen"

Calvins Macht war so groß, dass es ein Staatsverbrechen war sich gegen ihn zu wehren. Ein Bürger namens Jaques Gruet wurde verhaftet mit dem Verdacht ein Plakat, mit folgendem Abschnitt: "Du riesen Heuchler...! Nachdem die Leute lange gelitten haben, werden sie sich rächen...Pass auf, dass es Dir nicht so geht wie M.Verle [der umgebracht wurde]."

Gruet wurde zweimal am Tag gefoltert, nach ähnlicher Art womit Rom, zurecht von den Reformatoren verurteilt, die Inquisitionsopfer gefoltert hat, die beschuldigt wurden, es gewagt zu haben, ihren Dogmen zu widersprechen".
Die Anwendung der Folter um "Geständnisse" zu erpressen, wurde von Calvin zugelassen. Nach 30 Tagen schwerer Leiden, hat Gruet endlich gestanden - ehrlich oder aufgrund der Verzweiflung, seine Qualen zu beenden, das weiß niemand. Am 16 Juli 1547 "wurde er halb tot an einen Pfahl gebunden, seine Füße wurden angenagelt und sein Kopf abgeschnitten". Das Köpfen war die Strafe für Zivilvergehen, der Scheiterhaufen war die Strafe für theologische Häresie. Hier sehen wir, dass fehlende Übereinstimmung mit Calvin als Kapitalverbrechen gegen den Staat behandelt wurde.